श्री. मोरारजींचे मुख्यमंत्री म्हणून कार्य
आपल्या मुख्यमंत्रीपदाच्या काळात श्री. मोरारजींनी अनेक पुरोगामी प्रकल्प मार्गी लावले. न्याय व अंमलबजावणी खात्याचे पूर्ण विभाजन, कामगार कल्याण बोर्डाची स्थापना, हिंदी शिक्षणास उत्तेजन ही त्यांची प्रमुख कार्ये. त्यांनी निजामाच्या राज्यात चाललेल्यारझाकार चळवळीवर बंदी घातली. त्याच बरोबर गोव्याच्या स्वातंत्र्य लढ्यात भाग घेणारांना प्रतिबंध केला.
श्री. मोरारजींचे केंद्रमंत्री म्हणून कार्य
महाराष्ट्राचे मंत्रिपद सोडून श्री. मोरारजी १९५६ साली दिल्लीस वाणिज्य मंत्री म्हणून गेले. पुढे मुंदडा प्रकरणामुळे श्री. टी.टी. कृष्णमाचारी ह्यांना राजीनामा द्यावा लागल्यामुळे ते अर्थमंत्री झाले. मुंदडांची चौकशी जस्टीस छगलांनी केली व २३-५-१९५८ साली श्री. मोरारजी अर्थमंत्री झाले.
ज्यावेळी श्री. मोरारजी अर्थमंत्री झाले त्यावेळी दुस-या पंचवार्षिक योजनेची सुरुवात झाली होती. त्यावेळी वित्तीय तूट, परकीय चलनाची तूट, बेरोजगारी हे प्रमुख प्रश्न होते. आर्थिक स्थैर्य आणण्याकरता सुवर्ण नियंत्रण व सक्तीची बचत योजना ह्यांसारख्या योजना मोरारजींना कार्यान्वित केल्या.
परंतु पुढे ज्येष्ठ कॉंग्रेस नेत्यांनी पक्षाचे काम करावे ह्या सबबीवर कामराज योजना आली व मोरारजींना अर्थमंत्रिपदाचा राजीनामा द्यावा लागला. २७ मे १९६४ साली नेहरूंचे निधन झाले. पंतप्रधानपदाच्या रिंगणात मोरारजी होते, परंतु पक्षाने श्री. लालबहादुर शास्त्री ह्यांना पक्षनेते म्हणून निवडले. पसंतीचे खाते न मिळाल्यामे मोरारजी मंत्रिमंडळात सामील झाले नाहीत.
शास्त्रीजींनंतर श्रीमती इंदिरा गांधी पंतप्रधान झाल्या. मोरारजींना उपपंतप्रधान केले (मार्च १९६६). त्यांनी रुपयाचे अवमूल्यन केले व शासकीय सुधारणा मंडळ (Administrative Reforms Commission) नेमले. भारताचे राष्ट्रपती कोणी व्हावयाचे ह्याबाबत श्रीमती इंदिरा गांधी व श्री. मोरारजी ह्यांच्यात मतभेद झाले. श्री. मोरारजी हे रेड्डींच्या बाजूचे होते तर श्रीमती इंदिरा गांधींना श्री. गिरी हे राष्ट्रपती पाहिजे होते. श्री. मोरारजी व श्रीमती इंदिरा गांधीं ह्यांच्यात बॅंकांचे राष्ट्रीयीकरण, संस्थानिकांचे तनखे बंद करणे ह्याबाबत मतभेद झाले. तेव्हा त्यांचे अर्थमंत्रिपद इंदिराजींनी काढून घेतले. राजीनामा देण्याशिवाय दुसरा पर्यायच श्री. मोरारजींपुढे नव्हता. नंतर कॉंग्रेस पक्षच इंदिरा कॉंग्रेस (आय) आणि (ओ) असा दुभंगला.