केंद्रामध्ये काँग्रेस व अनेक राज्यांत काँग्रेसेतर पक्ष सत्तारूढ होते. अशा परिस्थितीत सरकार चालवायचे तर सह-अस्तित्व व सहकार्यानेच ते करणे आवश्यक होते, याची जाणीव इंदिराजींना होती तशीच अन्य पक्षनेत्यांनाही होती. पण परस्परविरोधी विचारप्रणालींना बांधलेले हे नेते, शिवाय प्रत्येक राज्याची आर्थिक व सामाजिक स्थिती वेगवेगळी होती. सहकार्य करण्याची इच्छा असली तरी मतभेद होणे अपरिहार्य होते. यशवंतरावांवर केंद्र व राज्यसंबंधी सुस्थितीत ठेवण्याची जबाबदारी होती. कारण या कामगिरीचे स्वरूप स्पष्ट करताना यशवंतराव म्हणाले, ''सर्व संघराज्य सरणीत केंद्र व राज्य यांचे मतभेद अपरिहार्य असतात. गरज होती ती सहकार्य करायचे या भावनेची. पंतप्रधान नेहमीच सहकार्य करण्याचा विचार करीत. आमचे मतभेद होते ते पश्चिम बंगाल व केरळ या राज्यांतील संयुक्त आघाडींच्या सरकारशी. तोही प्रवृत्तिभेद होता. विरोधक कायदा व सुव्यवस्थेच्या समस्येबद्दल आमचे या दोन्ही सरकारशी जमले नाही हे खरे आहे.'' कधी अन्नप्रश्न, कधी उद्योगधंदे, कधी गोवधबंदी असे मतभेदाचे विषय बदलत राहिले. पण लोकांची राहणी व जीवनपद्धती यांच्याकडे पाहण्याची आमची तत्त्वदृष्टीच भिन्न होती, त्यामुळे संघर्ष अटळ होता. सत्तेचे सर्व अधिष्ठानकेंद्र सरकारात आहे ही काँग्रेस पक्षाची पक्की समजूत.
पहिला तीव्र संघर्ष पश्चिम बंगला सरकारशी सुरु झाला. त्या सरकारवर डाव्या कम्युनिस्टांचे वर्चस्व होते. तेथे 'घेराव' म्हणून ओळखला जाणारा निदर्शनांचा नवीनच प्रकार सुरू झाला. मार्च ते ऑगस्ट १९६७ या सहा महिन्यांत या राज्यात ९१५ घेरावचे प्रकार झाले. पैकी फक्त कलकत्त्यात ३१९ होते. म्हणून चव्हाणांनी लोकसभेत सांगितले की घेराव हा बेकायदेशीर प्रकार असून मालक-मजूर, व राज्य सरकारे यांनी घेरावाचे प्रकार घडू देता कामा नयेत. यावर टीका झाली तेव्हा चव्हाणांनी पुन्हा सांगितले की, घेराव करणे हा दखलपात्र गुन्हा आहे. माहीत होते की मुख्यमंत्री अजय बाबूंना घेराव पसंत नव्हता. पण ते असहाय होते. जाहीरपणे त्यांच्या विरुद्ध काही करण्याची त्यांची हिंमत नव्हती. कारण ते स्वतः संयुक्त आघाडीचे नेते होते. आघाडी जे सांगेल ते करणे त्यांना भाग होते. हे प्रकरण संपले.
१९६७ मध्ये आणखी एक मूलभूत समस्या उभी राहिली.
नक्षलवादीमध्ये शेतकर्‍यांनी जमिनीचा ताबा घेतला. जून १९६७ मध्ये पश्चिम बंगालच्या मुख्यमंत्र्यांनी ही घटना केंद्र सरकारला कळविली. ही चळवळ चीनवादी असल्याचे अनधिकृत रीत्या मुख्यमंत्र्यांनी केंद्र सरकारला कळविले. धर्मवीर त्या वेळी प. बंगालचे राज्यपाल होते. त्यांनी प. बंगालचे मंत्रिमंडळ २१ नोव्हेंबर १९६७ मध्ये बडतर्फ केले. त्यातच दि. २९ ला प. बंगाल विधिमंडळाच्या सभापतींनी अजय घोष यांचे सरकारच घटनाबाह्य आहे असा अभिप्राय देऊन विधिमंडळाचे अधिवेशन बेमुदत स्थगित केले. चव्हाणांनी दि. ३ नोव्हेंबर रोजी लोकसभेत निवेदन करून राज्यपालांचा मंत्रिमंडळ बडतर्फीचा निर्णय देशहिताच्या व लोकशाहीच्या रक्षणाच्या हेतूने हा घेण्यात आला असल्याचे जाहीर केले. ४ फेब्रुवारी १९६८ ला पुन्हा विधिमंडळाचे अधिवेशन भरले तेव्हा सभापतींनी पुन्हा ते बेमुदत स्थगित केले.
विविध राज्यांतील घटनाविषयक पेचप्रसंगांचा हा प्रारंभ प. बंगालमध्ये झाला होता. चव्हाण याविषयी माहिती देताना म्हणाले, ''ज्या राज्यात कोणत्याच पक्षाला स्पष्ट बहुमत मिळाले नव्हते तेथे पक्षसामर्थ्य हे राज्यपालांच्या निर्णयावर अवलंबून असे. उत्तर भारतातील उत्तर प्रदेश, बिहार, हरयाणा, मध्यप्रदेश या राज्यांतील संमिश्र सरकारे काँग्रेसच चालवत होती. कारण तेथे काँग्रेसमधून बाहेर पडणार्‍यांची संख्या मोठी होती. पण कोणत्याही दोन राज्यांतील राजकीय स्थिती एकसारखी नव्हती. मात्र गृहमंत्री म्हणून मला प्रत्येक ठिकाणची परिस्थिती पाहून निर्णय घ्यावे लागले. त्यामुळे पक्षपाताचे आरोपही झाले. मुख्य वादाचा मुद्दा राज्यपालाचे अधिकार यासंबंधी घेतलेले निर्णय हा होता.''
यासंबंधी चव्हाण म्हणाले, ''सामान्यतः राज्यपालाने विवेकानुसार निर्णय घ्यावे की मुख्यमंत्र्यांच्या मताशी बांधले जावे असा मुख्य प्रश्न होता. साधारणपणे मुख्यमंत्र्यांचा सल्ला राज्यपालाने मानावा. परंतु परिस्थितीच असाधारण असेल तर राज्यपाल त्याचा सल्ला नाकारू शकतो. मुख्यमंत्र्यावरच जेव्हा अविश्वासाचा ठराव येत असेल आणि विधानसभा भंग न करता तहकूब ठेवण्याचा त्याचा प्रयत्‍न असेल तर राज्यापालाने स्वतःच्या मनाप्रमाणे निर्णय घेतला पाहिजे. सदैवच राज्यपालास स्वतःच्या मनाप्रमाणे निर्णय घेण्याचे स्वातंत्र्य दिले तर तो संघराज्य सरणीचा (फेडरल सिस्टम) अंत ठरेल. मला एकदा असे वाटले होते की, राज्यपालांनी याबाबत कसे निर्णय घ्यावे याची एक सूचना जंत्री तयार करावी. पण तो विचार मी सोडून दिला. घटनाविषयक प्रश्नात राज्यपालांना प्रमुख विधान अधिकार्‍यांनी (ऍटर्नी जनरल) असे सुचविले आणि चांगल्या प्रथा पाडूनच हे प्रश्न सुटतील असा निष्कर्ष मी काढला.''