यशवंतरावांनी संरक्षण खात्याचे काम समजून घेण्यास लगेच सुरुवात केली. पण बिजू पटनाईक व कृष्णम्माचारी यांच्यामुळे चित्त विचलित होऊ लागले. या संबंधात यशवंतरावांचे सचिव, श्री. राम प्रधान व राजकीय चरित्र लिहिणारे कुन्ही कृष्णन यांनी या पटनाईक प्रकरणासंबंधी लिहिले आहे. ती माहिती उपयुक्त असली, तरी लेले यांना दिलेल्या मुलाखतीत यशवंतरावांनी स्वतःचे विचार व अनुभव व्यक्त केले असून थोडी अधिक माहिती दिली आहे. स्वतः यशवंतरावांनीच दिलेली माहिती नमूद करणे उचित असल्यामुळे तिचा उपयोग इथे केला आहे. पटनाईक ओरिसाचे मुख्यमंत्री होते आणि तरीही चिनी युद्धानंतर मेनन यांचा राजीनामा घेणे अनिवार्य झाल्यानंतर, नेहरूंनी पटनाईक व कृष्णम्माचारी यांच्यावर संरक्षण खात्याच्या काही कामाची जबाबदारी टाकली. यशवंतरावांची नेमणूक झाल्यावर या दोघांना संरक्षण खात्यात काहीच काम ठेवण्याची आवश्यकता नव्हती. पण ज्या व्यक्ती विशेष मर्जीतील असतील त्यांना दुखवण्यास नेहरू सहसा तयार होत नसत. तो त्यांच्या स्वभावाचा एक विशेष होता. पटनाईक यांच्याबद्दल लोकसभेत प्रश्न विचारला असता, ते काही विशिष्ट कामाबद्दल सल्ला देतात व त्यांना संरक्षणविषयक प्रश्नांची माहिती असल्याचा खुलासा करताना पटनाईक हे ओरिसाचे मुख्यमंत्री आहेत अशीही पुस्ती नेहरूंनी जोडली. (एक मुख्यमंत्री आपले राज्य सोडून महिन्यातून आठदहा दिवस केंद्र सरकारच्या खात्यात काम करण्याकरता दिल्लीत वेळ दवडतो, हे कितपत घटनात्मक होते, हा एक प्रश्नच होता.)

यशवंतरावांनी लेले यांना सांगितले की, पटनाईक त्यांना भेटून गेल्यावर आणि आपला शपथविधी झाल्यानंतर ते नेहरूंना भेटले. नेहरूंना ते म्हणाले की, तुम्ही चव्हाणांना इथे संरक्षणमंत्री म्हणून आणले आहे, पण मला संरक्षणविषयक काही अनुभव आहे. या खात्यात मला काही करून दाखवायचे आहे. मग नेहरूंनी पटनाईक यांना शांत करण्याकरता संरक्षणखात्यात काही काम देण्याचे ठरवले व पंतप्रधानांच्या कार्यालयाच्या शेजारची खोली त्यांना दिली. पटनाईक हे एक काळ हवाई दलात असल्याने त्यांना संरक्षणविषयक माहिती होती. पण नेहरूंचा त्यांच्यावर विश्वास नव्हता. व्यक्ती म्हणून नेहरूंची त्यांच्यावर मर्जी होती. नेहरूंनी केलेल्या नव्या व्यवस्थेनंतर आपण संरक्षणखात्यास सल्ला देत असल्याच्या गोष्टी पटनाईक करू लागले आणि थोड्याच दिवसांत आपणच खरे संरक्षणमंत्री आहोत अशा बढाया मारून, चव्हाण नावापुरते संरक्षणमंत्री आहेत असा प्रचार करण्यापर्यंत त्यांची मजल गेली. पुढे पटनाईक १९६३च्या मार्चमध्ये अधिकृतपणे नव्हे, तर स्वतःच्या खर्चाने अमेरिकेस गेले. पण जाताना ते संरक्षणविषयक कामासाठी गेल्याची बातमी प्रसिद्ध करण्याची व्यवस्था त्यांनी केली. यामुळे यशवंतरावांची स्थिती अडचणीची झाली. त्यांनी लेले यांना सांगितले की, आपण सुरक्षा दलांच्या विविध थरांवरील अधिका-यांशी नवे संबंध प्रस्थापित करू लागलो होतो. मेनन यांनी संरक्षणखात्यातील शिस्त बिघडवली होती; अधिका-यांची एक उतरंड व साखळी असते, ती त्यांनी मोडली. लेफ्टनंट जनरलच्या ऐवजी मेनन मेजर जनरलला बोलवीत आणि त्याच्याशी सल्लामसलत करत. यामुळे वरिष्ठ अधिका-यांचा विश्वास ढासळला होता. हे सर्व सुरळीत करत असताना पटनाईक यांच्यामुळे आपली अवस्था अवघड झाल्याचे यशवंतरावांना जाणवले. लष्करी अधिका-यांनी यशवंतरावांना सांगितले की, पटनाईक यांच्यामुळे तुम्ही धोक्यात याल; ते तुमचे कार्य नष्ट करतील; ते विधिनिषेधशून्य तर आहेतच, शिवाय धोकादायकही आहेत. यशवंतराव कलकत्ता इथे गेले असता त्यांना हेच ऐकायला मिळाले. त्यामुळे या सर्वाचा त्यांना वीट आला.

याच वेळी पटनाईक यांच्या बढाईखोरीमुळे व उपद्व्यापी स्वभावामुळे नेहरूंना लोकसभेत अडचणीच्या प्रश्नांना उत्तर देण्याची वेळ आली. पटनाईक यांनी अमेरिकेत वार्ताहरांना सांगितले की, गनिमी काव्याच्या लढाईच्या तंत्राचे शिक्षण भारतीय पथकांना लाभदायक होईल व त्यासाठी आपण अमेरिकेत आलो आहोत. चिनी गनिमांच्या तंत्राचा वापर करून त्यांच्याशी मुकाबला करता येऊ शकेल. भारतीय सैन्याचे संख्याबळ व त्याच्या छावण्याची ठिकाणे यांचीही माहिती पटनाईक यांनी दिली. संरक्षण खाते आपल्या नियंत्रणाखाली आणण्याचा पंतप्रधानांचा विचार आहे काय, असा प्रश्न वार्ताहरांनी विचारल्यावर चव्हाण संरक्षणमंत्री आहेत, आपण वारंवार दिल्लीला जाऊन सल्ला देत असतो आणि इतरही काही तरुण या खात्यात येतील, असे उत्तर पटनाईक यांनी दिले. पटनाईक यांच्या या वक्तव्याबद्दल लोकसभेत प्रश्न उपस्थित केल्यावर नेहरू म्हणाले की, पटनाईक यांच्या काही विधानांमुळे व संरक्षणमंत्र्यांबद्दलच्या उल्लेखामुळे आपल्याला उद्वेग वाटला. पटनाईक यांची संरक्षणमंत्री होण्याची महत्त्वाकांक्षा असल्याची टीका खासदार हेम बरुआ यांनी केली असता, आपल्याला हे मान्य नसल्याचे नेहरूंनी उत्तर दिले.