बावडेकरांनी समितीला नकार दिल्यामुळे समितीनं त्यांच्याविरुध्द टीकेची मोहीम सुरू केली. त्यामुळे जनतेला या कमिशनकडून न्याय दिला जाणार नाही असं वातावरण तयार झालं. इतकंच नव्हे तर, कमिशनच्या कार्यपध्दतीच्या निषेधार्थ १६ सप्टेंबरला मुंबईत एक सर्वपक्षीय सभाही आयोजित केली गेली. या बैठकीत कमिशनवर अविश्र्वास व्यक्त करण्यांत येऊन हे कमिशन रद्द करून नवीन कमिशन नियुक्त करावं अशी मागणीहि करण्यांत आली.

इतकं घडताच न्या. बावडेकर यांनी यशवंतरावांना पत्र लिहून, या चौकशीच्या जबाबदारींतून आपणांस मुक्त करावं अशी विनंती केली. पानशेत-धरणाच्या प्रमुख इंजिनियरांनी, त्या अपघाताची जी एकूण माहिती तयार करून दिलेली होती, त्यामध्ये राज्य-सरकारच्या अधिका-यांनी ढवळाढवळ करून कांही फेरबदल केलेले असल्याबद्दल न्या. बावडेकर यांच्या मनांत संशय निर्माण झाला होता.

मुख्य मंत्री चव्हाण हे स्वतः विधानसभेच्या कामांत अतिशय व्यग्र होते. न्या. बावडेकर व चव्हाण यांची भेट त्यामुळे झालेली नव्हती. न्या. बावडेकर यांचं राजीनाम्याचं पत्र मिळताच सरकारचे मुख्य सचिव मोने यांना, न्या. बावडेकर यांची भेट घेऊन राजीनाम्याबाबत त्यांचं काय म्हणणं आहे ते समजावून घ्या, असं यशवंतरावांनी सांगितलं. त्यानुसार मोने व बावडेकर यांच्या अनेकदा भेटी होऊन चर्चा झाल्या. या भेटींमध्ये न्या. बावडेकर हे बरेच फटकळपणानं बोलले आणि एकदा तर त्यांनी मोने यांच्यावरच गंभीर आरोप केला. कमिशनकडे जे कागदपत्र दिले आहेत त्यांतली कांही मूळच्या कागदपत्रांची मोने यांनी अदलाबदल करून त्या ठिकाणी दुसरी कागदपत्रं आणून ठेवली असा हा आरोप होता. या उभयतांमध्ये खडाजंगीची चर्चा झाली असं नंतरच्या काळांत बरंच बोललं गेलं.

आणि त्यानंतर थोड्याच दिवसांनी ती दुःखद घटना घडली. चारमजली इमारतीच्या एका खिडकींतून न्या. बावडेकर यांनी स्वतःला रस्त्यावर झोकून दिलं आणि जीवनाचा अंत करून घेतला. त्यांनी आत्महत्या केली. आत्महत्येचं वृत्त ऐकतांच यशवंतरावांना धक्काच बसला, राजीनाम्याचं पत्र आल्यानंतर कामाच्या गर्दीमुळे त्यांना भेटता आलं नाही याचं तर त्यांना अधिक दुःख झालं.

न्या. बावडेकर यांची आत्महत्या घडताच विरोधी पक्षाला ते मोठच भांडवल मिळालं. विधानसभेत या प्रकरणी त्यांनी अविश्र्वासाचा ठरावहि आणला. या ठरावावरील चर्चेच्या वेळी मुख्य मंत्र्यांनी सर्व वस्तुस्थितीचा सुस्पष्ट खुलासा केला. विरोधी पक्षीं सरकारवर अनेक गंभीर आरोप केले होते; परंतु या सर्व आरोपांचं यशवंतरावांनी खंडन केलं. कमिशनची नियुक्ति झाल्यापासून न्या. बावडेकर यांना आपण एकदाहि भेटलो नाही किंवा कांही चर्चा केली नाही. त्यांच्या कोणत्या अडचणी होत्या त्याबद्दलहि त्यांनी कधी सांगितलं नाही. कमिशनच्या कामकाजांत कोणत्याहि प्रकारे हस्तक्षेप होऊ द्यायचा नाही याचं कटाक्षानं पालन करण्यांत आलेलं असून, चौकशीबाबत या ना त्या प्रकारे कसलीच अवास्तव उत्सुकता आपण दाखवलेली नाही, असं यशवंतरावांनी सभागृहाला सांगितलं.

विरोधी पक्षांनी न्यायमूर्तींवर जे आरोपांचे प्रहार केले त्यामुळे त्यांच्या मनावर दडपण येण्याची शक्यता होती. तरी पण केवळ संशयाच्या आधीन होऊन न्यायमूर्तींसारखी व्यक्ति, आत्महत्या करू शकेल काय, की यामागे आणखी कांही गंभीर कारणपरंपरा आहे याचा तपास यशवंतरावांनी मग सुरू ठेवला.

कमिशनकडे दाखल झालेल्या मूळ कागदपत्रांत कांही ढवळाढवळ झाली असावी असा न्या. बावडेकर यांना संशय होता. विरोधी पक्षानं त्याचा पुनरुच्चार केला; परंतु त्याबाबत यशवंतरावांचं उत्तर तयार होतं. त्या सर्व आरोपप्रत्यारोपांची यशवंतरावांनी स्वतः छाननी केलेली होती.