कामराज यांच्या अध्यक्षतेखाली पुढच्या कांही आठवड्यांत जयपूरला काँग्रेस अधिवेशन झालं. या अधिवेशनांत सिंडिकेटवाल्यांनी एक ठराव संमत करुन घेतला. अधिवेशनानं समंत केलेला ठराव दिसायला तसा निरुपद्रवा होता. 'पंतप्रधानांनी काँग्रेस अध्यक्षांशीं नियमितपणें सल्लामसलत करावी' एवढंच त्या ठरावाद्वारे पंतप्रधानांना सुचवण्यांत आलं होतं; परंतु त्याचा अर्थ, पंतप्रधानांच्या हातीं केद्रित झालेल्या सत्तेचं, वेगळ्या पद्धतीनं वांटप केलं गेलं आहे आणि पं. नेहरु हे काँग्रेसचे एकमेव नेते आता उरलेले नाहीत हें जगाला दाखवण्याचाच तो प्रकार होता.
पं. नेहरुहि आता थकले होते. भुवनेश्वर काँग्रेसनंतर पंडितजींना अर्धांगवायूचा झटका येऊन त्यांच्या शरीराची डावी बाजू निकामी झाली आणि पुढे तर २७ मे रोजीं त्यांचं देहावसानच झालं. पं. नेहरुंच्या निधनानंतर एका तासाच्या अवधींतच, त्यांच्या वारसाची खलबतं सुरू झालीं आणि कामराज व त्यांचा सिंडिकेट-गट यांनी मिळून मुत्सद्देगिरीनं पावलं टाकून आणि यशवंतरावांचं संपूर्ण साहाय्य घेऊन मोरारजींना बाजूला टाकलं आणि लालबहादूर शास्त्री यांना पंतप्रधानपदीं आरुढ केलं. काँग्रेसमधील के. डी. मालवीय यांच्या डाव्या विचारसरणीच्या गटानं, प्रथम मोरारजींना पाठिंबा देण्याचा उद्योग केला. पण नंतर हा गट इंदिरा गांधींच्या बाजूला झाला. इंदिरा गांधी यांना सिंडिकेटचा पाठिंबा नव्हता, तसा तो गुलझारीलाल नंदा यांनाहि नव्हता. बिजू पटनाईक, डी. संजीवय्या, मोहनलाल सुखाडिया यांनी मोरारजींना पाठिंबा दिला, तर बाबू जगजीवनराम हे स्वत:च पंतप्रधानपद हस्तगत करण्यासाठी हालचाली करत राहिले होते.
परंतु कामराज यांनी वारस निश्चित करण्याचं काम नाट्यपूर्ण रीतीनं पार पाडून, मोरारजींना खड्यासारखं वगळलं आणि शास्त्रीजींचा मार्ग निर्वेध बनवला; संसदीय काँग्रेस-पक्षाच्या बैठकींत, नेतेपदासाठी शास्त्रीजींचं नांव सुचवण्याची मोरारजींची स्वत:ची इच्छा होती; परंतु मोरारजींना तो मान मिळाल्याचं समाधानहि लाभूं देण्यांत आलं नाही. हंगामी पंतप्रधान म्हणून गुलझारीलाल नंदा हे काम पहात होते तेव्हा शास्त्रीजींच्या नांवाची सूचना त्यांनीच करावी असा बूट निघाला आणि मोरारजींना बाजूला ढकलण्यांत आलं. २ जून १९६४ ला संसदीय काँग्रेस-पक्षाची कामराज यांच्या अध्यक्षतेखाली बैठक होऊन अखेर शास्त्रीजींची एकमतानं नेतेपदीं निवड झाली.
शास्त्रीजींच्या निधनानंतर इंदिरा गांधी यांच्याकडे पंतप्रधानपद आलं आणि परिस्थितींत झपाट्यानं बदल होत गेला. १९६७ च्या निवडणुकीत सिंडिकेटची सद्दी संपुष्टांत आली. कामराज, अतुल्य घोष, स. का. पाटील या सिंडिकेटमधील मुखंडांचा या निवडणुकींत पराभव झाला. हे घडतांच सिंडिकेटची शक्ति छिन्नविछिन्न झाली.
सिंडिकेटचं महत्त्व कमी होतांच, काँग्रेस-अध्यक्षांचं महत्त्वहि कमी झालं. पक्ष आणि सरकार या दोन्ही ठिकाणची सत्ता इंदिरा गांधी यांच्या हातीं केंद्रित होत असल्याचं लक्षांत येतांच कामराज अस्वस्थ बनले. त्यांना हें घडूं द्यायचं नव्हतं म्हणून १९६७ मध्येहि काँग्रेसचं अध्यक्षपद स्वत:च्या हातांत ठेवण्यासाठीच त्यांनी डावपेंच सुरु केले. इंदिरा गांधी यांना हें मान्य नव्हतं. त्यामुळे त्यांनी एस्. निजलिंगप्पा यांना अध्यक्षपदासाठी पाठिंबा देण्याचं ठरवलं. त्याप्रमाणे त्यांची अध्यक्षपदीं निवडहि झाली, परंतु पुढे लवकरच या दोघांमध्ये वैचारिक बेबनाव निर्माण झाला.
निजलिंगप्पा यांनी अशी भूमिका स्वीकारली की, पंतप्रधान आणि त्यांचे सहकारी हे काँग्रेस-कार्यकारिणीला जबाबदार असून,कार्यकारिणीला उत्तर देण्यासाठी ते बांधलेले आहेत. उलट इंदिरा गांधी यांची भूमिका अशी की, प्राप्त परिस्थितींत काँग्रेस-संघटनेला, लोकांशी संपर्क तर ठेवावाच लागतोच. शिवाय म. गांधींच्या शिकवणूकीप्रमाणे पक्षानं विधायक कामाचा अंगीकार करण्याची गरज असून युवक-संघटना, महिला-संघटना अशा वेगवेळ्या संघटनांच्या द्वारा लोकसेवेचं काम करावं. सरकार आणि संघटना यांच्यांत मतभेद असण्याचं कांही कारण नाही.