पं. नेहरुंची प्रकृति ढासळल्यामुळे काँग्रेसचे नेते अस्वस्थ बनले होतेच, शिवाय १९६३ च्या मेमध्ये अमरोहा, राजकोट आणि फरुक्काबाद येथील लोकसभेच्या पोटनिवडणुकीमध्ये काँग्रेस-उमेदवारांचा पराभव करुन आचार्य कृपलानी, डॉ. राममनोहर लोहिया आणि एम. आर. मसानी हे नेहरु-सरकारचे कट्टर टीकाकार यशस्वी झाल्या. मुळे तर त्या नेत्यांना जबरदस्त धक्का बसला. काँग्रेस-प्रतिमा डागळली असल्याचंच हें लक्षण होतं. लोकहि त्यामुळे अस्वस्थ बनलें. या बदलत्या परिस्थितीचा विचार करुन, लोकांना धीर देण्यासाठी कांही तरी मार्ग शोधून काढण्याची गरज भासूं लागली. दरम्यान अ. भा. काँग्रेसच्या ८० सदस्यांनी, काँग्रेसचं खास अधिवेशन घेण्याची मागणी कार्यकारी मंडळाकडे केली; आणि त्यानुसार त्या वर्षाच्या ९ व १० ऑगस्टला अ. भा. काँग्रेसचं खास अधिवेशन भरवण्यांत येऊन, पोटनिवडणुकींतील पराभवाची मीमांमा करण्यांत आली. सभासदांच्या मागणीवरुन भरवण्यांत आलेलं हें पहिलंच अधिवेशन होय.
याच अधिवेशनांत सुप्रसिद्ध 'कामराज-फ्लॅन' जन्माला आला. कामराज हे त्या वेळीं मद्रासचे मुख्यमंत्री होते. सरकारमध्ये काँग्रेस-पक्षाचे जे आघाडीचे नेते होते त्यांनी मंत्रिपदाचा त्याग करुन काँग्रेस-संघटनेच्या कामाला वाहून घ्यावं अशी ही योजना होती. अ.भा. काँग्रेसनं नंतर पं. नेहरुंनीहि कामराज-योजनेला मान्यता दिली. या योजनेनुसार, अधिवेशनांनंतर पुढच्या कांही आठवड्यांतच मोरारजी देसाई, लालबहादूर शास्त्री, जगजीवनराम आणि स. का. पाटील या केंद्रीय मंत्र्यांनी, तसेच स्वत: कामराज, ओरिसाचे मुख्यमंत्री बिजू पटनाईक आणि जम्मू-काश्मीरचे मुख्यमंत्री बक्षी गुलाम महंमद यांनी राजीनामे दिले.
काँग्रेस-पक्षांतर्गत सुरू असलेल्या या उलथापालथीकडे विरोधकांचं बारकाईनं लक्ष होत. सत्ताधारी पक्ष आता समर्थ राहिलेला नाही असं पाहून, मग त्यांनी १६ ऑगस्ट १९६३ ला नेहरु सरकारविरुद्ध अविश्वासदर्शक ठराव लोकसभेंत आणला. स्वातंत्र्योत्तर १६ वर्षांच्या काळांत हें प्रथमच घडलं होतं. हा ठराव नापास झाला हें खरं, परंतु काँग्रेस-पक्ष हा आता अभंग राहिलेला नाही आणि पं. नेहरू हेहि राष्ट्राचे सर्वेसर्वा उरलेले नाहीत, असं या ठरावाद्वारे विरोधकांनी दाखवून दिलं.
कामराज-योजनेच्या आधारानं ज्यांना मंत्रिमंडळांतून दूर करण्यांत आलेलं होतं त्यांच्यापैकी स. का. पाटील हे तर कामराज-योजनेला विरोध करण्यासाठी पुढे सरसावले. मोरारजी देसाई हेहि दुखावले गेले होते. कामराज-योजनेचा बनाव हा केवळ आपल्याला दूर करण्यासांठीच झालेला नसून इंदिरा गांधी यांना पंतप्रधान बनवण्याचा मार्ग निष्कंटक करण्यासाठी तयार झालेली ही योजना आहे, अशी त्यांची टीका होती. कामराज योजनेमुळे काँग्रेसची संघटनात्मक बाजू भक्कम बनली, त्याचबरोबर काँग्रेस-अध्यक्षांचं महत्त्वहि वाढलं. मोरारजी देसाई आणि लालबहादूर शास्त्री हे दोघेहि आता, मंत्रिमंडळांतून बाहेर आलेले असल्यामुळे स्वाभाविकच, काँग्रेस-अध्यक्ष म्हणून या दोघांच्या नांवांची चर्चा सुरू झाली.
याच वर्षी म्हणजे १९६३ च्या ऑक्टोबरमध्ये 'सिंडिकेट' या नांवानं ओळखल्या जाणा-या काँग्रेस-अंतर्गत गटाचा जन्म झाला. मोरारजी देसाई हे स्वभावानं कडक, कर्मठ आणि रुढीला चिकटून बसणारे असल्यामुळे, त्यांना पक्षाचं अध्यक्षपद बहाल करण्याबाबत काँग्रेसच्या नेत्यांमध्ये दुमत होतं. कामराज, एस्. निजलिंगप्पा, एन्. संजीव रेड्डी, अतुल्य घोष आणि म्हैसूरचे श्रीनिवास मलिहा यांची मग ऑक्टोबरमध्ये तिरुपतीला बैठक घेऊन, भावी काँग्रेस-अध्यक्षाबद्दल खल केला. स. का. पाटील हे तिरुपतीच्या बैठकीला गेले नाहीत, परंतु त्यांचा या पांच जणांना पाठिंबा होता. या बैठकींतून जें अनौपचारिक गट-नेतृत्व तयार झालं त्यालाच पुढच्या काळांत सिंडिकेट म्हणून संबोधलं जाऊं लागलं. या पांच जणांनी काँग्रेस-अध्यक्षपदासाठी लालबहादूर शास्त्री यांचं नांव निश्चित केलं आणि या ना त्या कारणासाठी, शास्त्रीजींनी अध्यक्षपद स्वीकारण्यास नकार दर्शवला. तर मग त्या जागेवर कामराज यांची निवड करण्याचं निश्चित करण्यांत आलं. शास्त्रीजीचं नेतृत्व हें पक्षाच्या दृष्टीनं स्थिर ठरणारं नेतृत्व होतं आणि पक्षाच्या कार्यकर्त्यांमध्येहि गटबाजीला वाव उरणार नव्हता. त्याचसाठी अध्यक्षपदासाठी शास्त्रीजींचा पुरस्कार करण्यांत आला होता. परंतु अध्यक्षपदासाठी मोरारजींशी सामना करण्याचा प्रसंग जाणून शास्त्रीजींनी स्वत:च तें पद स्वीकारण्याला नकार दर्शवला. त्यामुळे २० नोव्हेंबर १९६३ ला सिंडिकेटच्या पाठिंब्यानं आणि पं. नेहरुंच्या आशीर्वादानं कामराज हे अध्यक्षपदावर आरुढ झाले.