यशवंतरावांना त्या काळांत राज्यपालांची नियुक्ति हा एक प्रश्न डोकंदुखीचा बनला. गृहमंत्रिपद स्वीकारल्यानंतरच्या पहिल्या सहा महिन्यांतच राज्यापालांचं काम करण्यासाठी योग्य अशा व्यक्तीची निवड करण्याचा प्रश्न उद्भवला. नव्यानं दहा राज्यपालांची नेमणूक करायची होती. राज्यपालपदीं ज्यांची नियुक्ति करायची त्याचं व्यक्तिमत्त्व, समाजांतलं त्यांच स्थान, त्यांची शैक्षणिक पात्रता, त्यांची प्रशासकीय कुवत इत्यादि गोष्टी तपासून मगच निर्णय करावा लागतो. यशवंतरावांनी त्यासाठी कांही व्यक्तींकडे संधान बांधलं, परंतु त्यांतील पुष्कळजणांनी राज्यपाल म्हणून काम करण्याची तयारी नसल्याचंच सांगितलं. राज्यपालांची नियुक्ति करतांना त्या राज्याच्या मुख्य मंत्र्यांशीं विचारविनिमय करूनच निर्णय करावा लागतो. बिहार राज्यासाठी नित्यानंद कानुनगो यांची नियुक्ति झाल्यानंतर त्यांतून बराच वाद निर्माण करण्याचा प्रयत्न झाला. त्या ठिकाणीं विरोधी पक्षाचं सरकार अस्तिवांत आलं होतं. त्यामुळे सरकारनं, कानुनगो यांचा राज्यपाल म्हणून स्वीकार करण्यास नकार दर्शवला. लोकसभेंतल्या विरोधी खासदारांनी मग गृहमंत्र्यांना धारेवर धरलं. विरोधी पक्षाचीं सरकारं असलेल्या अन्य सात राज्यांतल्या राज्यपालांची नियुक्ती बिनबोभाट झाली होती. परंतु खासदारांनी बिहारचा प्रश्न उपस्थित केला तेव्हा बिहारचे मुख्य मंत्रीच आपल्या सहका-यांना या संदर्भात विश्वासांत घेण्याच्याबाबतींत असमर्थ ठरलेले असून, त्यांच्याशीं अनेकदा विचारविनिमय करूनच कानुनगो यांची नियुक्ती झालेली आहे, असं यशवंतरावांनी सांगतांच विरोधी खासदार थंड झाले. अखेर कानुनगो यांनाच राज्यपाल म्हणून स्वीकारण्याला बिहारच्या मुख्य मंत्र्यांना त्यांनी भाग पाडलं.
यशवंतरावांना आपल्या कारकीर्दीत महाराष्ट्र-म्हैसूर, पंजाब-हरियाना आणि आसाम-नागालँड या राज्यांतील सीमा-प्रश्नाच्या तंट्यालाहि तोंड द्यावं लागलं. महाराष्ट्र-म्हैसूर दरम्यानचा सीमा-तंटा हा यशवंतराव गृहमंत्री होण्याअगोदरचा – तेरा वर्षांचा जुना तंटा होता. गोविंद वल्लभ पंत, लालबहादूर शास्त्री आणि गुलझारीलाल नंदा या त्या अगोदरच्या तीन गृहमंत्र्यांना या प्रश्नांत तडजोड करण्यांत अपयश प्राप्त झालं होतं. या दोन्ही राज्यांतली आपल्या काँग्रेसपक्षीय सहका-यांना नाराज करण्याचं पूर्वीच्या गृहमंत्र्यांनी टाळलं व त्यामुळे हा प्रश्न तसाच लोंबकळत राहिला.
यशवंतरावांनी गृहमंत्रिपद स्वीकारल्यानंतर या प्रश्नाचा निर्णय करण्याचं काम पंतप्रधानांकडेच सोपवलं. गृहमंत्री या नात्यानं यशवंतरावांनी महाराष्ट्राची बाजू घेऊन दबाव निर्माण केला अशी टीका करण्यात कोणास अवसर राहूं नये आणि त्रयस्थपणानं या तंट्याचा निर्णय व्हावा असाच त्यामागचा त्यांचा दृष्टिकोन होता. परंतु तरीहि तो प्रश्न रेंगाळत राहिला आणि १९६९ सालीं काँग्रेसमधील दुफळीनंतर तर या प्रश्नाचं स्वरूपच बदललं. दुफळीनंतर महाराष्ट्रांत इंदिरा काँग्रेस आणि म्हैसूरमध्ये संघटना काँग्रेस असं चित्रं निर्माण झाल्यानं या तंट्याचा निकाल आणखी लांबला. यशवंतराव गृहमंत्रिपदांतून मुक्त होईपर्यंत तरी या तंट्याचा निर्णय होऊं शकला नाही आणि पुढेहि वर्षानुवर्षे तो अनिर्णीतच राहिला.
पंजाब-हरियाना या राज्यांतील तंटा मात्र यशवंतरावांनी हिकमतीनं सोडवला. आसाम-नागालँडचा वाद योग्य अशा वातावरणांत निकाली काढणं कांहीसं अवघड होतं. या वादाच्या चर्चेच्या वेळीं कांही पेंच निर्माण केले गेले. परंतु या डोंगरी मुलखांतील निरनिराळ्या गटांतील नेत्यांची समजूत काढण्यांत यशवंतरावांन महिन्यांमागून महिने खर्च केले आणि त्यांनी स्वतः निश्चित केलेल्या योजनेनुसार या तंट्याचा निर्णय करण्यात त्यांनी यश मिळवलं. मेघालय या नव्या राज्याचा जन्म त्याच वेळीं झाला.
आंध्र प्रदेशामधील स्वतंत्र तेलंगणाची वावटळहि यशवंतरावांच्या कारकीर्दीतच जोर करून उठली होती. १९६९ च्या जानेवारीमध्ये हैदराबादमधील विद्यार्थ्यांनी त्यासाठी आंदोलन सुरू केलं आणि हां हां म्हणतां तें सर्वत्र पसरलं. हैदराबादसह तेलंगण या स्वतंत्र राज्याची निर्मीति व्हावी अशी एका गटाची मागणी होती, तर दुसरा गट, राष्ट्रपतींच्या १९५८ च्या हुकमाप्रमाणे तेलंगणाच्या हितसंबंधांचं पूर्णपणानं रक्षण व्हावं अशी मागणी करत होता. हें आंदोलन १९६९ पर्यंत सुरू होतं.