उलटसुलट चर्चा होत राहिल्या असतांनाच पंतप्रधानांनी एक आठवड्यानंतर गृहमंत्रिपदासाठी यशवंतराव चव्हाण यांची निवड निश्चित केली असल्याची घोषणा केली आणि १४ नोव्हेंबर १९६६ ला यशवंतरावांनी या नव्या पदाचीं सूत्रं आपल्याकडे घेतली. याबरोबरच केंद्रीय मंत्रिमंडळांत आणखीही कांही बदल घडले. चव्हाणांकडिल संरक्षणखातं स्वर्णसिंग यांच्याकडे, तर त्यांच्याकडील परराष्ट्र-व्यवहारखातं एम्. सी. छगला यांना देण्यांत आलं; आणि छगला यांच्याकडील शिक्षणखातं फक्रुद्दीन अलिअहंमद यांच्याकडे सुपूर्त करण्यांत आलं.
यशवंतरावांच्या या नव्या नियुक्तीबद्दलच्या निर्णयाचा देशांतल्या वृत्तपत्रांनी मग मनसोक्त गौरवच केला. गृहमंत्रिपदाच्या जागेसाठी चव्हाण हेच एकमेव योग्य असे नेते आहेत, असा वृत्तपत्रांचा अभिप्राय होता.
१९६६ च्या नोव्हेंबरमध्ये यशवंतराव गृहमंत्री बनले तो काळ मोठा आणीबाणीचा होता. सरकारसमोर अनेकविध समस्या गंभीर उभ्या होत्या. सरकारला कोणा परक्या राष्ट्रानं आव्हान दिलं होतं किंवा सरकारची अर्थव्यवस्था कोलमडली होती असं नव्हतं; परंतु देशांतर्गत परस्पर-द्वेष, असहकार, ज्येष्ठ नेत्यांमधला धरसोडपणा अशा प्रकारची अंतर्गत धुसफूस कमालीची वाढली होती. स्वातंत्र्योत्तर इतिहासांत १९६६ साल हें तसं पाहिलं तर कसोटीचं वर्ष, किंबहुना ‘काळं वर्ष’ म्हणूनच नोंद झालेलं आहे. या सालांत राजकीय पातळीवर सर्वत्र गोंधळ, संशय निर्माण झाला होता, तर धार्मिकद्दष्ट्या हिंदूंनी आपल्या धार्मिक वेडाचाराचं पुरुज्जीवन करण्यासाठी एक फार मोठा कट शिजवला होता. राष्ट्राची एकात्मता टिकून राहण्यासा आणि राष्ट्रप्रेम शाबूत राखण्यासाठी कांही सारासार विचार शिल्लक ठेवण्याचंच आव्हान मिळालं होतं.
गोवधबंदी अमलांत आणावी यासाठी साधूंनी केलेल्या आंदोलनाला पाठिंबा दर्शवण्यासाठी आणि सरकारनं गोवधबंदीचा कायदा करावा याच्या मागणीसाठी पुरीचे जगद्गुरु श्रीशंकराचार्य यांनी दिल्लीला यमुनेच्या काठीं उपोषण सुरू केलं होतं. पंजाबच्या प्रश्नाचा निकाल लावून घेण्यासाठी संत फत्तेसिंह आणि त्यांच्या सात भक्तांनी उपोषण सुरू करून अग्निकुंडांत उडी टाकून आत्मर्पण करण्याची धमकी दिली होती आणि संयुक्त समाजवादी पक्षाच्या प्रोत्साहनानं देशांत त्याच वेळीं विद्यार्थ्यांनी धुमाकूळ माजवला होता.
कायदा आणि सुव्यवस्था पालनाची देशांत आणीबाणीची परिस्थिति निर्माण झालेली असतांना आणि सरकारला मोठं आव्हान मिळालं असतांना, नेमक्या त्याच परिस्थितींत यशवंतरावांकडे गृहमंत्रिपद आलं होतं.
गृहमंत्री म्हणून, दोन दिवसांनंतर ते जेव्हा लोकसभेंत दाखल झाले तेव्हा संतापलेल्या खासदारांना तोंड देण्याची त्यांच्यावर पाळी आली. १८ नोव्हेंबरला चव्हाण यांनी विद्यार्थ्यांच्या लोकसभेवरील मोर्चाच्या संदर्भात एक नविदेन केलं होतं. त्यामुळे संतापलेल्या खासदारांनी लोकसभेंत आरडाओरड सुरू केली.
वस्तुतः यशवंतरावांनी गृहमंत्रीपद स्वीकारण्यापूर्वीच विद्यार्थ्यांची चळवळ सुरू झालेली होती. उत्तर-प्रदेश, मध्य-प्रदेश, बिहार इथेच चळवळीनं उग्र स्वरूप धारण केल्यानं पोलिसांनी कडक उपाय योजले होते. पोलिसांनी विद्यार्थ्यांना, प्राध्यापकांना, प्राचार्यांना बेदम मारहाण केली, वर्गांतल्या फर्निचरची पोलिसांनी मोडतोड केली आणि प्रयोगशाळेंतली उपकरणं फोडून टाकली वगैरे स्वरूपाच्या उलटसुलट तक्रारी येत राहिल्या होत्या. काँग्रेस-कार्यकारिणीच्या बैठकींत या परिस्थितीच्या संदर्भांत ऑक्टोबर १९६६ मध्येच विचार होऊन तीव्र चिंता व्यक्त करण्यांत आली होती. पंतप्रधानांनी स्वतःच विद्यार्थांच्या चळवळीबाबत एक निवेदन कार्यकारिणीला दिलं होतं आणि या सर्वच प्रश्नाचा विचार एका समितीकडे सोपवला होता.