या काळात उद्‍भवलेला आणखी एक मुख्य महत्त्वाचा प्रश्न म्हणजे पक्षांतराचा किंवा पक्षबदलूंचा. चव्हाणांनी पक्षांतराविषयी केलेला अहवाल ही गृहमंत्री म्हणून त्यांची महत्त्वाची कामगिरी. चव्हाण या प्रश्नाचे स्वरूप व गांभीर्य स्पष्ट करताना म्हणाले, ''पक्षांतरामुळे लोकशाहीचा तमाशा झाला आहे. प्रशासन थंड पडले आहे. पक्ष बदलणारे विधानसभा सदस्य केवळ केंद्र सरकारलाच नव्हे तर लोकशाहीच्या कार्यसंचलनास आव्हान देत असतात पक्षांतराविषयी आम्ही तयार केलेला सूचना-प्रबंध हा भारतीय राजकारणाच्या सर्व अभ्यासकांच्या दृष्टीने उपयुक्त असा दस्तऐवज आहे. सर्व राजकीय पक्षांना स्थित्यंतराच्या अवस्थेतून जावे लागते. त्या काळात फूट पडणे व विलीनीकरण घडून येणे अपरिहार्य असते. पण सगळ्यात अनिष्ट गोष्ट असेल ती म्हणजे व्यक्तिस्वार्थासाठी व जवळच्या मार्गाने सत्ता मिळविण्यासाठी केले जाणारे पक्षांतर. आम्ही असे सुचविले आहे की पक्ष बदलणार असेल त्याला एक वर्षभर मंत्री होण्यास अपात्र ठरविण्यात यावे.'' चव्हाणांना काँग्रेसही या पक्षांतराच्या कर्मात सहभागी झाली होती काय असे विचारता ते म्हणाले, ''यात प्रत्येक पक्षाचा वाटा आहे.'' जवळ जवळ सर्व उत्तर हिंदुस्थान व प. बंगाल येथे राष्ट्रपती शासन होते. यासंबंधी चव्हाण म्हणाले, ''माझी स्थिती अशी होती की गृहमंत्री झाल्यावर पहिले सहा महिने मला ८ किंवा १० राज्यपालांच्या नेमणुकीसाठी नावे सुचवावी लागली. राज्यपाल होण्यासाठी मी ज्यांची नावे सुचविली ते सर्वच त्यास राजी होते हे खरे नाही. हे पद स्वीकारण्यासाठी पुष्कळांचे मत मला वळवावे लागले.''
१९६६ व १९६८ या दोन वर्षांत गृहमंत्री या नात्याने चव्हाणांना एका पाठोपाठ एक पेचप्रसंगांना तोंड द्यावे लागले. भारताचे राजकीय स्थैर्य, लोकशाही प्रथांची जपणूक, राज्यघटनेचे व्यावहारिक प्रशासन, संघराज्य सरणीचं संरक्षण, केंद्र-राज्य संबंध, बहुपक्षीय राज्यसरकारे या सर्व प्रश्नांनी याच काळात उचल खाल्ली. चव्हाणांचे व्यावहारिक शहाणपण व चतुराई यांच्या कसोटीचा हा काळ होता. याच काळात भारताचे दोन मूलभूत प्रश्न उग्र स्वरूपात पुढे आले. पण चव्हाणांनी या प्रश्नांचा मुळापासून अभ्यास व संशोधन करण्यासाठी गृहमंत्रालयातील संशोधन विभागास कार्यचालना दिली. त्यांनी जमविलेली माहिती किंवा तयार केलेले सूचना-प्रबंध आजही अभ्यासकांना उपयोगी पडण्यासारखे आहेत, इतके ते व्यासंगपूर्ण आहेत. चव्हाणांनी हिंदु-मुस्लिम दंग्यांचा ७० वर्षांचा अभ्यास करवून घेतला. याची माहिती देताना चव्हाण म्हणाले, ''कायदा व सुव्यवस्था यांच्याच दृष्टिकोणातून केवळ या हिंसाचाराचा विचार आम्ही केला नाही. त्याच्या मुळाशी आम्ही गेलो. त्या प्रश्नाची सामाजिक बाजू तपासली. हिंसाचाराची समाजशास्त्रीय व आर्थिक कारणे शोधण्याचा प्रयत्‍न केला. या अभ्यासाचा आधार आमच्या धोरणाला असे. तसेच आम्ही दिल्लीतील प्रशासनसंस्थेस हरिजनांचे आर्थिक-सामाजिक प्रश्न अभ्यासावयास सांगितले. सामाजिक दृष्ट्या ते कितपत सामावले गेले आहेत याचा अभ्यास करावयास सांगितले.''
तसेच पोलिस खात्यात संशोधन विभाग सुरू केला. जमावाची हिंसा नियंत्रित करण्यासाठी काय केले पाहिजे इत्यादी विषयी त्यांनी अभ्यासले.
चव्हाणांच्या कारकीर्दीतील दोन विषयांच्या अभ्यासांचा उल्लेख केला पाहिजे. एक म्हणजे शेतकर्‍यांतील असंतोष व दुसरा हिंदु-मुस्लिम जातीय दंगे.
ग्रामीण शेतमजुरांच्या स्थितीची पाहणी राष्ट्रीय श्रम आयोगाने केली होती. त्यांनी निष्कर्ष काढला तो असा की, १० वर्षांत किमान वेतनात वाढ झालेली नाही आणि किमान वेतन कायदा मृतवत झालेला आहे. गृहमंत्रालयाने जी पाहणी केली तिचा निष्कर्ष असा की, ग्रामीण भारतात दोन वर्गातील, दोन विभागांतील विषमता अधिक नजरेस भरण्याइतकी वाढली आहे. म्हणून गृहमंत्रालयाने राज्य सरकारांना ही विषमता कमी करण्यासाठी तातडीचे उपाय योजण्यास सांगितले. इतकी विषमता असताना ग्रामीण मजुरांनी मजुरीच्या वाढीसाठी आंदोलने केली तर त्यात आश्चर्य नाही. केरळ, आंध्र, तामिळनाडू, बिहार, ओरिसा व प. बंगाल या राज्यांत शेतमजुरांची आंदोलने सुरू झाली होती म्हणून शेतकरी बंड करतील असा इशारा राज्य सरकारांना दिला. प. बंगालमध्ये निर्माण झालेल्या नक्षलवादी चळवळीबद्दल चव्हाणांची भूमिका समंजस होती. चव्हाण म्हणाले, ''मार्क्सवादी पक्षातील अतिजहाल पंथाने नक्षलवादी ही चळवळ सुरू केली व एक नवी राजकीय परिभाषा रूढ केली. नक्षलवादी हा एक नवीन शब्द राजकीय शब्दकोशात समाविष्ट केला गेला. त्यांचा ध्येयवाद चिनी ध्येयप्रणाली आणि तंत्र यांच्याशी निश्चित मिळताजुळता होता. भारताच्या सीमेवरच त्यांचे कार्य चालू असल्यामुळे या चळवळीस अधिक महत्त्व प्राप्‍त झाले व ती अधिक धोकादायक वाटू लागली.''