सेनादलांचे पुनर्घटन करण्याच्या चव्हाणांच्या या प्रयत्‍नांचे वर्णन ब्रिगेडिअर दळवी असे करतात- ''मेनन यांच्या कारकीर्दीत गेलेले तडे भरून काढण्याचे काम चव्हाणांनी सुरू केले. जनरल जे. एन. चौधरी या नव्या सेनादलप्रमुखावर त्यांनी विश्वास टाकला, त्यांना योग्य तो मान दिला..... सैन्याचा गमावलेला आत्मविश्वास त्याला पुन्हा मिळवून देणे आणि सुरक्षा मंत्रालयात व सैन्यदलाच्या मुख्य कचेरीत कामकाजाच्या बाबतीत शिस्तबद्धता निर्माण करणे या गोष्टींत चव्हाणांनी फार मोलाची कामगिरी बजावली... सैन्यदलाची पुनर्रचना व पुनः सुसज्जता या बाबतीत सैन्यदलाने आखलेल्या योजनांमध्ये त्यांनी स्वतः ढवळाढवळ केली नाही व इतर नागरी अधिकार्‍यांनाही करु दिली नाही..... जुनाट कल्पना व संघटनपद्धतींवर त्यांनी हेतुपुरस्सर हल्ला चढवला. यामुळे काही थोड्याच महिन्यांत पायदळाची पुनर्रचना झाली, नव्या डोंगरी तुकड्या उभ्या केल्या गेल्या आणि सैनिकांच्या हातात नवीन शस्त्रास्त्रे व अन्य साधनसामग्री आली. त्यांनी कोणालाही बळीचा बकरा बनवला नाही. जुने सारे विसरून जा आणि लढाईची पाळी आलीच तर त्यासाठी सुसज्ज व्हा अशी कळकळीची विनंती केली.''
आपले विमानदलही फारसे सामर्थ्यवान नव्हते. अनेक देशांकडून वेळोवेळी मिळालेल्या, अनेकविध प्रकारच्या विमानांचा त्यात समावेश होता. एखाद्या विशिष्ट देशाकडे, एखाद्या विशिष्ट जातीच्या विमानाचे सुटे भाग मागितले तर ते मिळत नसत; कारण तोपर्यंत त्या देशाने तसले विमान वापरायचे सोडून देऊन नवीन 'मॉडेल'चा स्वीकार केलेला असे. काही वेळा त्या त्या देशाचे राजकीय धोरणही याच्या आड यायचे. हे सारे घोटाळे विमानांच्या बाबतीत भारत परावलंबी असल्यामुळे होत आहेत ही गोष्ट चव्हाणांनी उघड उघड बोलून दाखवली. हे घोटाळे टाळण्यासाठी विमानांचे व त्यांच्या सुट्या भागांचे उत्पादन याच देशात व्हायला हवे असा त्यांचा ठाम विश्वास होता.
या काळात 'मिग-२१' ही विमाने तयार करणार्‍या सार्वजनिक क्षेत्रातील कंपनीची स्थापना करण्यात आली. विमान उत्पादनाला अधिक चालना देण्यासाठी नाशिक, कोरापुट आणि हैदराबाद येथे अनुक्रमे या विमानांचे सांगाडे, एंजिन व विद्युतयंत्रणा नर्माण करणारे कारखानेही सुरू करण्यात आले. 'नॅट विमानांच्या उत्पादनाला गती दिली गेली. 'एच.एफ. २४' व 'मॅक-१' या विमानांत सुधारणा घडवून त्यांचेही उत्पादन सुरू केले गेले.
नौदलाच्या दृष्टीने देशाच्या सीमा उत्तरेत नसल्यामुळे त्या वेळी नौदलाकडे अग्रक्रमाने लक्ष देणे शक्य नव्हते. तरीही चव्हाणांच्या कारकीर्दीत फ्रिगेट्सचे उत्पादन सुरू करण्यात आले. १९७१ ते ७३ च्या दरम्यान तीन फ्रिगेट्स् तयार व्हाव्यात या दृष्टीने कामाची आखणी करण्यात आली. नौदलोपयोगी अन्य छोट्या नौकांचे उत्पादनही सुरू झाले.
नेफामधल्या पराजयाची चौकशी करण्यासाठी सरकारने चौकशीचे आदेश दिलेले होते. मेजर-जनरल हँडरसन ब्रुक्स आणि ब्रिगेडियर पी. एस. भगत यांनी अशी चौकशी केली. चव्हाणांच्या मते, ''ही चौकशी म्हणजे नेफा मोहिमेत सामील झालेल्या किंवा या मोहिमेशी संबंधित असलेल्यांच्यावरील दोषारोपणांची चौकशी नव्हती.'' कोणाही व्यक्तीच्या दोषांची ही चौकशी नव्हती. प्रशिक्षण, साधनसामग्री, आज्ञापालनाची साखळी, सैन्याची शारीरिक क्षमता आणि सर्व स्तरांवरील नेत्यांची कुवत या पाच अंगांमधील त्रुटी शोधून काढणे हा या चौकशीचा उद्देश होता. या चौकशीचा अहवाल गुप्‍त स्वरूपाचा असल्यामुळे आजवर तो खुला केलेला नाही. अर्थात या संदर्भात २ सप्टेंबर १९६३ रोजी लोकसभेत चव्हाणांनी एक निवेदन केले. हा अहवाल अतिशय अस्वस्थ करणारा आहे याची त्यांनी कबुली दिली. चौकशीतून स्पष्ट झालेल्या गोष्टींचा थोडक्यात गोषवारा असा होता - कनिष्ठ अधिकार्‍यांचा एकंदरीत दर्जा उत्तम होता. काही अपवाद सोडले तर ब्रिगेड-दर्जाच्या अधिकार्‍यांचा दर्जाही पुरेसा समाधानकारक होता. मात्र ''वरिष्ठ दर्जाच्या अधिकार्‍यांमध्ये अधिकारविषयक त्रुटी अधिक स्पष्टपणे दिसून येत होत्या.'' उच्च दर्जाचे अधिकारी ''स्वयंस्फूर्तीवर फारसे अवलंबून राहात नव्हते, त्यांच्यापेक्षा कनिष्ठ असलेल्या अधिकार्‍यांना मिळालेल्या सैन्याविषयीच्या आणि युद्धभूमीविषयीच्या ज्ञानाचाही उपयोग करून घेत नव्हते; आणि धोरणविषयक बारीक-सारीक तपशिलातही ढवळाढवळ करीत होते.''
हेंडरसन-ब्रुक्स अहवाल हा सैन्याच्या चुकांवर सफेदी फासण्यासाठी नक्कीच तयार केलेला नव्हता. सरकारने स्वतःवर होणार्‍या आघाताचा तडाखा थोडासा सौम्य करण्यासाठी तो वापरला. ''आम्ही संकटाच्या अंतिम टोकापाशी उभे नसून, मध्यावरच आहोत'' हेही चव्हाणांनी मान्य केले. त्यांनी पार्लमेंटला सांगितले की, सैन्यातील अधिकारी आणि जवान यांच्यातील संबंधांना एक नवीन स्वरूप देण्यासाठी आदेश दिले गेले आहेत. हे संबंध लोकशाही परंपरांना सुसंगत असेच राखण्यात येतील. नेतृत्वगुणाच्या कसोटीवरच पदोन्नती दिली जाईल. हेंडरसन-ब्रुक्स अहवालाच्या संदर्भातल्या चव्हाणांच्या व निवेदनावर लोकसभेत गरमागरम चर्चा झाली. चव्हाणांनी या अग्निदिव्याला, संरक्षणमंत्री म्हणून सफाईने तोंड दिले आणि कुठलाही डाग न लागता त्यातून ते सुरक्षितपणे बाहेरही पडले.