या कलुषित वातावरणातच झाकिर हुसेन यांच्या निधनानंतर राष्ट्रपती म्हणून कोणाची निवड करण्यात याची याबद्दलचा खल सुरू झाला. बंगळूरच्या अखिल भारतीय काँग्रेस समितीच्या आणि पार्लमेंटरी बोर्डाच्या बैठकीत यावर निर्णय घेण्यात आला. संजीव रेड्डी यांचे नाव पाच विरुद्ध चार अशा मतांनी मुक्रर करण्यात आले. यशवंतराव व इंदिरा गांधी यांच्यामधील मतभेद या मतदानात प्रथमच प्रकट झाले. तोवर त्यांच्यामधील संबंध इतके जिव्हाळ्याचे होते की 'किचन कॅबिनेट' म्हणून म्हटल्या जाणार्‍या सल्लागारांत यशवंतरावांचाही समावेश केला जात असे. शिवाय रुपयाचे अवमूल्यन किंवा बँकांचे राष्ट्रीयीकरण या वादग्रस्त झालेल्या अत्यंत महत्त्वाच्या प्रश्नांच्या बाबतीत यशवंतराव आणि इंदिरा गांधी यांचे पूर्ण एकमत होते. जुन्या इतिहासावर दृष्टिक्षेप टाकावयाचा झाला तर बँकांच्या राष्ट्रीयीकरणाची शिफारस करणारा पहिला ठराव यशवंतरावांच्या नेतृत्वाखाली महाराष्ट्र काँग्रेसनेच मंजूर केला होता. तेव्हा बंगळूरच्या अधिवेशनानंतर लगेच इंदिरा गांधी यांनी १४ बँकांचे राष्ट्रीयीकरण केल्याची जी घोषणा केली त्याबद्दल यशवंतरावांनी लगेच प्रशस्तिपत्र दिले यात आश्चर्य असे काही नव्हते. तथापि संजीव रेड्डी यांची राष्ट्रपतिपदाचे उमेदवार म्हणून जी निवड करण्यात आली होती तिला पाठिंबा देण्याचे धोरण यशवंतरावांनी चालूच ठेवले. इंदिरा गांधी यांना त्याबद्दल वैषम्य वाटले असले तर त्यातही नवल नाही. पण त्याच्या जोडीला यशवंतरावांनी काँग्रेसमध्ये फूट पडू नये म्हणून एकीचा एक ठराव काँग्रेसपुढे ठेवला. राष्ट्रीय प्रवाहापासून अलिप्‍त न होण्याच्या यशवंतरावांच्या धोरणाशी सुसंगत असाच हा ठराव होता. त्या ठरावाचा सिंडिकेटने अधिक्षेप केला आणि मग यशवंतराव आणि इंदिरा काँग्रेस हीच खरी काँग्रेस आहे असा ठाम निर्वाळा देऊन इंदिराजींच्या गोटात स्वतःला समाविष्ट करून घेतले. त्यानंतर घडलेला इतिहास अगदी ताजा आहे. त्यात आणीबाणी, निरनिराळ्या घटनात्मक सुधारणा आणि इंदिराजींनी निर्वाणीच्या म्हणून केलेल्या उपाययोजना यांचा समावेश होतो. त्याच वेळी जयप्रकाशजींची आंदोलने, नवनिर्माण समितीने गुजरात व बिहारमधे पुकारलेले सत्याग्रह, आणीबाणीच्या संदर्भातील दडपशाही, त्या सर्वांचे पर्यवसान म्हणून १९७७ साली इंदिराजींचा झालेला दारुण पराभव यांचीही त्यात भर पडते. विचार करण्यासारखा प्रश्न आहे तो हा की, हा इतिहास घडत असताना एक विचारवंत राष्ट्रीय नेते म्हणून यशवंतरावांनी आपली अशी स्वतंत्र भूमिका का घेतली नाही आणि प्रधानमंत्र्यांचे केवळ एक दुय्यम सहकारी म्हणून या सार्‍या घडामोडींकडे निरीक्षकाच्या दृष्टिकोणातूनच का पाहिले ? त्यांना स्वतंत्र भूमिका दोन्ही बाजूंनी घेता आली असती. म्हणजे आजवरच्या त्यांच्या निष्ठावंत परंपरेनुसार इंदिराजींच्या कृतींचा बचाव करताना त्यांना म्हणता आले असते की, जयप्रकाशजींनी जी भूमिका घेतली ती अतिरेकी आणि लोकशाहीचे संकेत मोडणारी होती. कारण लोकनियुक्त प्रतिनिधींना कायदेमंडळातील वा कायदेमंडळाबाहेरील कर्तव्य पार पाडण्याला प्रतिबंध घालणारी ही चळवळ जयप्रकाशजी व त्यांच्या अनुयायांनी सुरू केली होती आणि ती लोकशाही संकेतात बसण्यासारखी नव्हती. इतकेच नव्हे तर गांधीजींच्या सत्याग्रहाशीही सुसंगत नव्हती. त्या बचावानुसार यशवंतरावांना इंदिराजींच्या दडपशाहीचेही समर्थन करता आले असते आणि आपल्या प्रधानमंत्र्यांना निर्वाणीच्या वेळी पाठबळ दिल्याचेही समाधान त्यांना अनुभवता आले असते. त्या सुमारास अलाहाबाद हायकोर्टाने इंदिराजींची निवडणूक फेटाळून लावल्यामुळे जो पेचप्रसंग निर्माण झाला होता त्याबद्दलही जाहीर मत व्यक्त करताना यशवंतरावांना म्हणता आले असते की, इंदिराजींना दोषी ठरविण्यात आले आहे ते तांत्रिक कारणामुळे ठरविण्यात आले असल्यामुळे तेवढ्या कारणासाठी प्रधानमंत्रिपदाचा त्यांनी राजीनामा देण्याचे कारण नाही. मंत्रिमंडळातील एक सदस्य म्हणून यशवंतरावांनी प्रधानमंत्र्यांच्याबद्दल निष्ठेची अशा रीतीने प्रचीती आणून द्यावयाला पाहिजे होती.
दुसर्‍या बाजूने भूमिका घ्यावयाची तर घटनात्मक सुधारणा, एकतंत्री राजवट आणि आणीबाणी व तिच्या अनुषंगाने करण्यात आलेली दडपशाही याबद्दलची आपली नापसंती व्यक्त करून यशवंतरावांनी मंत्रिमंडळातून स्वतःला मोकळे करून घ्यावयाला पाहिजे होते. पण या दोन्ही भूमिका यशवंतरावांनी घेतल्या नाहीत. सावधपणाने ते स्वस्थ राहिले आणि त्यापलीकडे आणीबाणीची जबाबदारीही मंत्रिमंडळाचे एक सदस्य म्हणून त्यांनी इंदिराजींच्या जोडीने स्वीकारली नाही. पुढे लोकसभेतील विरोधी पक्षाचे नेते म्हणून त्यांनी सन्मान उपभोगला. पण इंदिराजींवर जे हल्ले होत होते, त्यांच्यावर जे खटले भरण्यात येत होते, यांच्या कृतींची चौकशी करण्यासाठी जे कमिशन नेमण्यात आले होत आणि एकंदरीने इंदिराजींचे जे चारित्र्यहनन केले जात होते त्याबद्दल निषेधाचा एक शब्दही यशवंतरावांनी काढला नाही. साहजिकच ज्याला ते राष्ट्रीय प्रवाह म्हणत होते त्याच्यापासून अलग होण्याच्या धोरणांचाच त्यांनी या वेळी अवलंब केला सा निष्कर्ष काढणे भाग आहे.