१४ नोव्हेंबर १९६६ला यशवंतरावांनी नव्या पदाची जबाबदारी स्वीकारली. गृहमंत्री बनले तो काळ मोठा आणीबाणीचा होता. साधूंच्या निदर्शनाने दिल्लीत तणावाचे वातावरण निर्माण झाले होते. गोवधबंदीला पाठिंबा दर्शवण्यासाठी त्याचवेळी पुरीच्या शंकराचार्यांनी दिल्लीला यमुनाकाठी उपोषण सुरू केलं. विद्यार्थ्यांनी प्रचंड संख्येनं १८ नोव्हेंबरला निदर्शनं करण्याचा पुकारा केला. हे सर्व निपटून काढून गृहमंत्री मोकळे होतात न होतात तोच अकाली दलाचे नेते संत फत्तेसिंग यांच्या आत्मदहनाची समस्या त्यांच्यासमोर उभी राहिली. या सर्व समस्या यशवंतरावांनी अतिशय शांतपणानं, समतोल राखून खुबीनं पण समजूतदारपणानं काबूत आणल्या. लोकसभेच्या दोन्ही सभागृहात आपल्या व्यक्तिमत्वाचं आगळं दर्शन घडवलं. देशाचं दैनंदिन जीवन सुरळीत सुरू रहावं यासाठी या गृहमंत्र्यानं अनेक निर्णय, लोकांना त्याची गंधवार्ता लागू न देता केले. चौथी सार्वत्रिक निवडणूक फेब्रुवारी १९६७ मध्ये चव्हाणांच्या कारकीर्दीतच झाली. त्यांच्या या कारकीर्दीनं पोलादी पुरुष अशी त्यांची प्रतिमा निर्माण झाली. नाट्यमय रीतीनं आलेली जबाबदारी तोलामोलानं सांभाळली.
१९६६ पासून गृहखात्याचा कारभार सुरू राहून चार वर्ष होतात तोच १९७० मधे नव्या नाटकातील भूमिका त्यांच्याकडे देण्याचा प्रस्ताव झाला. १९६९ मध्ये काँग्रेस दुभंगली होती. मागोमाग मंत्रिमंडळात फेरबदल घडणार असल्याबद्दल तर्क सुरू झाले. १९७०च अर्थसंकल्पीय अधिवेशन संपलं तरी फेरबदल अस काही घडलं नव्हत. अर्थसंकल्पीय अधिवेशन संपल्यानंतर मोरारजी देसाई यांच्याकडील अर्थखातं काढून घेऊन पंतप्रधान इंदिरा गांधी यांनी स्वत:कडं घेतलं. हा बदल करण्यातील हेतू स्पष्ट होता. १९६९च्या बंगलोरच्या अधिवेशनात अर्थविषयक एक टिपणी सादर करण्यात आली होती. त्या विषयावरील ठराव यशवंतरावांनी तयार केला होता. पक्षाच्या ध्येयधोरणाच्या अंमलबजावणीचा सवाल उभा राहिला. प्रतिगामी मोरारजींकडून ही अंमलबजावणी घडेल याची शाश्वती उरली नाही. त्यामुळं पंतप्रधानांनी हे खातं स्वत:कडं घेतलं. वर्षभर खात्याचा कारभार त्यांनी पाहिला परंतु अन्य कामाचा व्याप आणि या खात्याच्या एक वर्षाच्या अनुभवानंतर, पक्षाच्या पुरोगामी ध्येय-धोरणाचा प्रामाणिक पाठपुरावा करणाऱ्या मंत्र्याकडेच अर्थखातं सोपवण्याची निकड त्यांना भासू लागली.
यशवंतरावांकडं गृहखातं होतं आणि या प्रतिष्ठेच्या, संवेदनाक्षम खात्याचा त्याग करण्यास ते राजी नव्हते. इंदिरा गांधी यांनी त्यांचे मन जाणून घेण्याचा प्रयत्न केला तेव्हा त्यांनी तसं सांगितलंही. अर्थविषयक धोरणाला गती देण्याचा प्रश्न असल्यामुळं इंदिरा गांधींनी त्यांच्याशी तीन वेळा चर्चा केली. गृहखातं आणि अर्थखातं यातील बदलाबाबतची भूमिकाही पंतप्रधानांनी सांगितली. एक-दोन महिने वाटाघाटी सुरू राहिल्या. अखेरीस १९७० च्या जूनमध्ये पंतप्रधानांनी संरक्षण, परराष्ट्र आणि शिक्षण खात्यातील मंत्री बदलले. गृहखातं आणि अर्थखातं यात बदल करण्याबाबत त्यांनी वेगळ्या तंत्राचा अवलंब केला. गृहखातं मी स्वत:कडं घेते आणि अर्थखातं तुम्ही सांभाळा अशी त्यांनी यशवंतरावांना गळ घातली. यापूर्वी दोन वेळा घडलं होतं त्याची तिसऱ्यांदा पुनरावृत्ती झाली. पंतप्रधान आणि यशवंतराव असाच परस्परात खाते बदल घडत राहिला. यशवंतरावांना असा बदल स्वीकारावा लागला.