साधु लोकांनी ७ नोव्हेंबरला लोकसभेसमोर या मागणीसाठी निदर्शन केल्यानंतर या आंदोलनाची इतिश्री झाली होती. सरकारपर्यंत मागणी पोंचवण्याचा हेतु साध्य झाला होता; परंतु धर्ममार्तडांना आणि त्यांच्या पुढा-यांना हा प्रश्न तेवत ठेवणं जरूर होतं. त्यामुळे त्यांनी जगद्गुरु शंकराचार्यांना प्राणांतिक उपोषणासाठी उद्युक्त करून हिंदु समाजाच्या भावनांना प्रदीप्त केलं.
जगद्गुरु शंकराचार्यांच्या उपोषणामुळे वातावरणाला एकदम कलाटणी मिळून तें अधिक तप्त होत राहिलं. या परिस्थितीचा, सरकारला विचार करावाच लागणार होता. यशवंतरावांनी, आपल्या अधिका-यांसमवेत चर्चा करून परिस्थितीचा अंदाज घेतला तेव्हा शंकराचार्यांच्या उपोषणामुळे लोक प्रक्षुब्ध बनत असून न जाणो, त्यांतून जातीय दंगल पेटण्याची शक्यता असल्याचा निष्कर्ष निघाला. हें टाळण्यासाठी त्यांनी वेगळ्याच मार्गाचा अवलंब करण्याचा निर्णय केला.
सबंध देशाला जातीय वणव्यांत होरपळून निघण्यासाठी संधि देणं योग्य नव्हतं. म्हणून मग एक दिवस श्रीशंकराचार्यांना दिल्लीहून हलवण्यांत आलं येऊन अत्यंत गुप्त रीतीनं, पाँडेचेरीला नेण्यांत आलं; तिथे त्यांना थोडे दिवस ठेवण्यांत आलं आणि नंतर पुरी इथे त्यांना सुखरूप पोंचवून त्यांची मुक्तता करण्यांत आली. दिल्लीहून शंकराचार्यांना जेव्हा विमानांतून नेण्यांत आलं तेव्हा आपण कुठे चाललो आहोंत हें त्यांना उमगलंच नाही. पाँडेचेरीहून पुरीस पोंचल्यानंतरहि शंकराचार्यांनी उपोषण चालू ठेवणार असल्याबद्दलच घोषणा केली; परंतु ते आता आपल्या आश्रमांत राहून उपोषण करणार असल्यामुळे त्याची जबाबदारी सरकारवर उरलेली नव्हती.
श्रीशंकराचार्यांना झालेली अटक आणि त्यांचं स्थलांतर याचा जनसंघाला कमालीचा धक्का बसला. शंकराचार्याबद्दल हिंदु समाजांत वसत असलेल्या धार्मिक श्रद्धेच्या जोरावर, अटक आणि स्थानबद्धतेच्या कचाट्यांत न अडकतां, देशांत सरकारविरोधी वातावरण निर्माण करण्याचा हेतु साध्य होईल असा धार्मिक नेत्यांचा कयास होता. परंतु गृहमंत्र्यांनी त्यांचाहि भ्रमनिरास घडवला.
परंतु यामुळे मूळ प्रश्न संपणार नव्हता. या आंदोलनाच्या पाठींशी देशांतले कांही बडे भांडवलदार होते. आंदोलनासाठी त्यांच्याकडून आर्थिक मदत दिली जात होती. गोवधबंदीचा प्रचार ते प्रामाणिकपणानं करत होते. परंतु गोवधबंदी कायद्यानं करायची तर त्या संबंधी सर्वांगीण विचार करूनच धोरण निश्चित करावं लागणार होतं. भारताच्या धर्मनिरपेक्षतेच्या धोरणाला ज्यामुळे छेद जाईल असं धोरण ठरवून चालणार नव्हतं. या संदर्भांत मग, गृहमंत्री आणि पंतप्रधान यांनी या प्रश्नाचा राजकीय आणि आर्थिक दृष्टिकोनांतून विचार केला; आणि या प्रश्नाचा निर्णय करण्याच्या दृष्टीनं मंत्रिमंडळानं एक कमिशन नेमल्याचं जाहीर केलं.
गोवधबंदीच्या समस्येंतून यशवंतराव मोकळे होतात न होताच तोंच, त्यांच्या कारकीर्दीच्या पहिल्याच महिन्यांत अकाली दलाचे नेते संत फत्तेसिंग यांच्या आत्मसमर्पणाची समस्या त्यांच्यासमोर उभी ठाकली. चंदीगड शहरावर पंजाबचा हक्क असून हरियानांतील पंजाबीभाषी भाग हा पंजाबमध्ये सामील करून घेण्यासाठी म्हणून अकाली दलाच्या नेत्यांनी प्राणाची बाजी लावली होती. त्याच्या अगोदरहि संत फत्तेसिंग यांनी आत्मसमर्पणाची, सरकारला दोन वेळा धमकी दिलेली होती. १७ डिसेंबर १९६० ला त्यांनी प्राणांतिक उपोषणहि केलं होतं.
त्यानंतर १० सप्टेंबर १९६५ ला त्यांनी पुन्हा उपोषण सुरू केलं आणि जगलो-वांचलों तर पंधरा दिवसांनंतर अमृतसरच्या सुवर्ण-मंदिरांत, अग्निकुंडांत उडी घेऊन आत्मार्पण करण्याची धमकी दिली. दरम्यान भारत-पाकिस्तान चकमकी सुरू झाल्यानं हें आत्मार्पण मागे पडलं. परंतु त्या वेळचे गृहमंत्री गुलझारीलाल नंदा, यांनी लोकसभेचे सभापति सरदार हुकमसिंग यांच्या नेतृत्वाखाली, या प्रश्नाचा विचार करण्यासाठी एक संसदीय समिति नियुक्त केली. या समितीनं आपला अहवाल सादर केल्यानंतर, सर्व सोपस्कार होऊन पंजाबी सुभा अस्तित्वांत आला. संत फत्तेसिंग यांनी मग त्या निर्णयाबद्दल समाधानहि व्यक्त केलं. पंजाबी सुभ्याच्या रचनेबद्दल मात्र त्यांनी पूर्ण समाधान व्यक्त केलं नाही.