पेशवाई नष्ट झाल्यानंतर सुद्धा ब्राह्मणांचा छत्रपतींच्याकडे क्षत्रिय या नात्याने पाहण्याच्या दृष्टिकोनात काही फरक पडला नाही. सातारच्या गादीवरील शेवटचे छत्रपती प्रतापसिंह महाराज यांच्या काळीही ब्राह्मण समाजाने छत्रपती व मराठा समाज हे क्षत्रिय नाहीत व त्यांची धर्म कृत्यें वेदोक्त पद्धतीने न करता पुराणोक्त पद्धतीनेच करावयाची असा निश्चय केला. तेव्हा मराठे हे क्षत्रिय आहेत की नाहीत याचा अखेरचा सोक्षमोक्ष लावण्यासाठी प्रतापसिंह महाराजांनी १८३०साली अखिल भारतीय शास्त्री पंडितांची एक महासभा या वादग्रस्त मुद्याचा अखेर जाहीर निर्णय देण्यासाठी बोलावली. महाराष्ट्रातील व इतर प्रांतातील ब्रह्मवृंद फार मोठ्या प्रमाणात साता-याला जमला होता. प्रभू समाजातील आबा पारसनवीस यांच्या नेतृत्त्वाखालील मंडळींनी मराठे हे क्षत्रिय आहेत असा पूर्वपक्ष मांडला तर राघवाचार्य गजेंद्रगडकर यांच्या नेतृत्तवाखाली काम करणा-या शास्त्री मंडळींनी मराठे हे क्षत्रिय नाहीत. असा उत्तरपक्ष मांडला. निवाडा जाहीर करताना कोणत्याही प्रकारचा दंगाधोपा होऊ नये म्हणून खूद्द प्रतापसिंह महाराज नंग्या तलवारी-निशी शांतता व सुव्यवस्था राखण्यासाठी पहारा करीत होते. अखेर मराठे हे क्षत्रिय आहेत असा पंचांचा निर्णय बाहेर आला. व त्यामुळे ब्राह्मणसमाजाची पुन्हा एकवार घोर निराशा झाली.

त्यानंतर १८९६ साली बडोद्याला सयाजीराव महाराजांचेवेळी पुन्हा एकवार हे वेदोक्त प्रकरण उद्भवले. शिवदत्त शर्मा या नावाचे जोधपूरचे वेदशास्त्रसंपन्न शास्त्री बडोद्याला महाराजांचे भेटीस आले असता त्यांना राजघराण्यांतील धार्मिक विधी हे पुराणोक्त पद्धतीने होतात ही गोष्ट दिसत आली त्यांनी महाराजांना आपण क्षत्रिय असता आपले धार्मिक विधी हे पुरोणोक्त पद्धतीने कसे होतात असा प्रश्न केला. राजपुतान्यातील रजपूत संस्थानिकांचे धार्मिक विधी हे वेदोक्त पद्धतीनेच होतात अशीही माहिती पुरविली. यावर सयाजीराव महाराजांनी आपल्या राजघराण्यांतील धार्मिक विधी हे वेदोक्त पद्धतीनेच झाले पाहिजेत असा हुकूम काढला. तेथील ब्राह्मणांनीही फारशी खळखळ न करता राजघराण्याचे धार्मिक विधी वेदोक्त पद्धतीने करावयास सुरवात केली.

त्या नंतर चारच वर्षांनी इ. १९०० साली कोल्हापूरचे वेदोक्त प्रकरण पद्भवले. कार्तिक महिन्यात महाराज नित्याप्रमाणे प्रात:काली पंचगंगा नदीवर स्नानास गेले होते. त्या वेळी महाराजांचे बरोबर सुप्रसिद्ध पुरोगामी विचारवंत आणि वेदशास्त्र संपन्न पंडित राजारामशास्त्री भागवत हे होते. महाराज स्नान करीत असता स्नानाला पावित्र्य येण्यासाठी त्यांच्या बरोबर असलेल्या पुरोहिताने स्वत: मात्र कधीच स्नान करीत नसे. त्या दिवशी महाराज स्नान करीत असता तो पुरोहित जे मंत्र म्हणत होता ते मंत्र ऐकूण राजारामशास्त्री भागवंत यांना आश्चर्य वाटले. त्यांनी महाराजांना सांगितले की महाराज आपण क्षत्रिय असता या पुरोहिताने वेदोक्तमंत्र न म्हणता पुराणोक्तमंत्र म्हटले. महाराजांनी त्या पुरोहिताला जाब विचारला. त्याने स्पष्ट सांगितले की आपण छत्रपती असला तरी शूद्र आहात. वेदमंत्र म्हणण्याची व मंत्र म्हणण्यापूर्वी स्नान करण्याची मला जरुरी वाटत नाही. महाराजांनी त्याला सांगितले की मी क्षत्रिय घराण्यातील आहे आणि मी स्नान करीत असताना वेदमंत्राचाच घोष झाला पाहिजे. त्यावर त्या पुरोहिताने उत्तर दिले की कोल्हापूरचा ब्रह्मवृंद तुम्हाला क्षत्रिय मानत नाही तोपर्यंत मी पुराणोक्त मंत्रच म्हणणार त्या पुरोहिताच्या तोंडचे हे वाक्य ऐकून महाराजांना धक्का बसला आणि एका नव्या संघर्षाची ठिणगी यामुळे पडली. या पुढची पाच वर्षे महाराजांना नुसत्या कोल्हापूरच्याच नव्हे तर अखिल महाराष्ट्रातील ब्राह्मण समाजाशी एक प्रकारचे धर्मयुद्ध पुकारावे लागले.

महाराजांनी राजोपाध्ये यांना आपल्या राजघराण्यातील धार्मिक विधी वेदोक्त पद्धतीने करण्याची आज्ञा केली. वेदोक्त पद्धतीने धार्मिककृत्ये करण्यासाठी तीनहजार रुपये उत्पन्नाच्या इनाम जमीनी कोल्हापूर दरबारकडून राजोपाध्यांच्याकडे वंशपरंपरेने चालू होत्या. राजोपाध्ये हे सुशिक्षित गृहस्थ होते. परंतु महाराजांनी कोल्हापूरमध्ये ज्या सामाजिक सुधारणा चालविल्या होत्या त्यामुळे समस्त ब्रह्मवृंद महाराजांच्यावर नाखूष होता. इथल्या ब्राह्मण समाजातील प्रो. विष्णु गोविंद विजापूरकर हे राजाराम कॉलेजमध्ये प्रोफेसर होते त्यामुळे त महाराजांचे नोकर होते. ते आपल्या 'समर्थ' वर्तमानपत्रातून चिथावणी देत असत. इचलकरंजीचे जहागिरदार पुण्याहून लो. टिळक, इतिहासाचार्य राजवाडे प्रभृती मंडळीची वेदोक्त प्रकरणात महाराजांना हार जावयाचे नाही अशी राजोपाध्यांना उघड उघड चिथावणी होती.