पूर्वी बाबासाहेब महाराजांचे कारकीर्दीत ( १८६२-६३ चे सुमारास ) पोलिटीकल एजंटाने शंकराचार्य पीठासंबंधी एक वटहुकूम काढलेला होता. त्या वटहुकूमात करवीर पीठाचे शंकराचार्य यांनी कोल्हापूरच्या महाराजांचे पूर्व परवानगीशिवाय शिष्य करुन असे स्पष्ट म्हटले होते. भिलवडीकर स्वामींनी ब्रह्मनाळकर स्वामींना शिष्य केले त्यावेळी महाराजांची पूर्व परवानगी घेणे आवश्यक होते. परंतू त्यांनी जाणून बुजून महाराजांची परवानगी घेतली नाही. या वटहुकूमाचा आधार घेऊन महाराजांनी शंकराचार्यांच्या करवीर पीठाचे सुमारे ५० हजार रु उत्पन्न जप्तेत ठेवले. भिलवडीकर स्वामींनी संकेश्वरला प्रयाण केले व ब्रह्मनाळकर स्वामी कोल्हापूरात येऊही शकले नाहीत. ब्रह्मनाळकर स्वामींनी महाराष्ट्रात सर्वत्र दौरा सुरु केला. आणि दिवसा मशाली लावून पालखीत बसून मिरवायला व पाद्यपूजा घेण्याला सुरूवात केली. दक्षिणेच्या रुपाने लोकांच्याकडून पैसा उकळायला सुरुवात केली. हे शिष्य स्वामी पुण्याला गेले असता पुण्याच्या ब्राह्मण मंडळींनी त्यांची मिरवणूक काढली. लो. टिळक प्रभृती राष्ट्रीय नेत्यांनी त्यांच्या पालखीला खांदा दिला. आणि त्यांना आठ हजार रुपयांची थैली अर्पण केली.

शिष्य बाहेर दौरा करुन पैसा मिळवत आहे हे पाहून गुरू स्वामींना वाईट वाटले. व त्यांनी त्याचेकडे पैशाची मागणी केली. शिष्य स्वामींनी गुरुस्वामींना पैसा द्यायला नकार दिला. त्यामुळे गुरू आणि शिष्य या दोघांचे मध्ये वितुष्ट आले.

गुरुस्वामीच्याकडे ज्या ग्रामोपाध्ये, जोशी, पुरोहित वगैरे लोकांनी महाराज हे क्षत्रिय आहेत का शूद्र आहेत या बाबतीत निर्णय देण्यासंबंधी अर्ज केले होते. ते अर्ज गुरुस्वामींनी शिष्य स्वामीकडे अखेर निर्णयासाठी पाठवून दिले. परंतू या गुरु शिष्याच्या भांडणात ते अर्ज तसेच अनिर्णितच ठेवले. त्यामुळे अर्ज करणा-या वतनदारांची कुचंबणा झाली. वतन ही नाही व वेतन ही नाही अशी मोठी केविलवाणी त्यांची परिस्थिती झाली.

१९०५ साली राजोपाध्यांच्या अपीलाचा व्हॉयसरॉयकडून अखेरपक्षी निकाल लागल्या नंतर महाराजांचे क्षत्रियत्त्व सिद्ध झाले. त्यामुळे आपण आता जास्त खळखळ करण्यात अर्थ नाही असे गुरुस्वामींना वाटले व त्यांनी कोल्हापूर जवळील कळंबे या गावी येऊन महाराजांचे भेटीची इच्छा प्रदर्शीत केली. महाराजांना त्यांनी पोषाख पाठवून देऊन आपण क्षत्रिय कुलोत्पन्न असल्या कारणाने वेदांचा आपल्याला अधिकार आहे असे म्हणून वेदोक्त पद्धतीने आशिर्वाद दिला. पण त्याचवेळी मठाचे जप्त झालेले तीन वर्षांचे उत्पन्न सुमारे दीड लाख आपल्याला मिळावे अशी मागणी केली. गुरुस्वामींच्या या हालचालीचे वृत्त शिष्य स्वामीना कळताच ते ही शिरोळ तालुक्यांतील उदगाव या गावी आले व क्षत्रिय कुलोत्पन्न म्हणून महाराजांना वेदोक्त पद्धतीने आशिर्वाद दिला व आपल्यास शिष्य करताना गुरू स्वामीनी परवानगी घेतली नव्हती. त्याबद्दल महाराजांची माफी मागितली. अशा रीतीने राजोपाध्ये, करवीर पीठाचे शंकराचार्य भिलवडीकर त्यांचे शिष्य ब्रह्मनाळकर आणि त्यांना पाठिबा देणारी समस्त ब्राह्मण मंडळी व प्रो. विजापूरकर, लो. टिळक, इतिहासाचार्य राजवाडे, इचलकरंजीचे जहागिरदार या सगळ्याच्यावर पाच वर्षे चाललेल्या या धर्मयुद्धामध्ये महाराजांनी प्रचंड विजय मिळविला.
 
यावेळी महाराजांचे बाजूने कांही उदार ब्राह्मण मंडळी उभी राहिली होती त्यांचाही गौरवपूर्वक उल्लेख करणे क्रमप्राप्त आहे. राजारामशास्त्री भागवत, नारायणभट्ट सेवेकरी, कुरुंदवाड ज्युनिअर जहागिरीचे अधिपती बापूसो पटवर्धन, न्या. पंडित, न्या. गोखले व जोशीराव वगैरे मंडळी ब्राह्मण समाजाच्या धमकावणीला न भिता महाराज हे क्षत्रिय आहेत; मराठा समाज हा क्षत्रिय आहे व त्यांना वेदोक्ताचे अधिकार आहेत असे आग्रहाने प्रतिपादन करीत होती यापैकी सेवेकरी व जोशीराव यांना कोल्हापूरच्या समस्त ब्राह्मण मंडळींनी वाळीत टाकलें होते. वेदोक्त प्रकरणात महाराजांना जे भलेबुरे अनुभव आले आणि पांचवर्षे धर्मसंगर करावा लागला यातून प्रेरणा घेऊन महाराजांनी पुढे क्षत्रिय वैदिक विद्यालय काढून ब्राह्मणेत्तर समाजातील पुरोहित निर्माण केले.