त्याचवेळी महाराजांनी सातारा, नागपूर, बडोदा व उत्तरेतील राजपूत संस्थानिक यांच्या घराण्यांत धार्मिकविधी कोणत्या पद्धतीने चालतात या बद्दल माहिती गोळा करण्याचा प्रयत्न केला. त्याना आढळून आले की या सर्व संस्थानातील धार्मिकविधी वेदोक्तपद्धतीनेच चालतात. लवाद कमेटीचा अहवाल व हा पुरावा हाती आल्यानंतर महाराजांनी राजोपाध्यांच्या बाबतीत निर्वाणीची कारवाई करण्याचा आपल्या मनाशी निर्णय घेतला. तरी सुद्धा राजोपाध्यांनी सामोपचारानी आपल्या राज घराण्यातील धार्मिक-विधी वेदोक्त पद्धतीने करावेत असे प्रत्यक्ष अप्रत्यक्ष सुचविण्याचा प्रयत्न केला. याचा अर्थ राजोपाध्ये आणि त्यांचे पाठीराके यांनी महाराज हे राजोपाध्यावर काही कारवाई करु शकणार नाहीत असा सोईस्करपणे केला. तो महाराजांचा दुबळेपणा आहे असे मानण्यापर्यंत त्यांची मजल गेली. पण महाराजांनी काल न दवडता व त्या इंग्लंड येथे एडवर्ड बादशहाच्या राज्यारोहण समारंभाला लवकरच जाण्याचे असल्या कारणाने राजोपाध्यांनी अखरपक्षी जर राज घराण्यातील धार्मिक कृत्ये वेदोक्त पद्धतीने केली नाहीत तर त्याबद्दल सक्त विचार केला जाईल. अशी महाराजांनी निर्वाणीची १९०२ च्या मे महिन्यात नोटीस दिली. परंतू राजोपाध्यांनी दाद दिली नाही. त्यामुळे महाराजांना त्यांचे सुमारे तीस हजार रुपयाचे उत्पन्न जप्तीत आणणे भाग पडले. जप्तीचा हुकून करुन महाराज ए़डवर्ड बादशहाचे राज्यारोहणासाठी इंग्लंडला निघून गेले. राजोपाध्यांनी अॅडमिनिस्ट्रेटिव्ह कौन्सिलकडे या हुकमाचा फेरविचार व्हावा रेव्हयू अॅप्लिकेशन केला. कौन्सिलने तो फेटाळला. त्यानंतर राजोपाध्यांनी कर्नल फेरीस हे कोल्हापूरचे पोलिटीकल एजंट असता त्यांच्याकडे अपील केले. कर्नल फेरीस यांनी राजोपाध्ये हे महाराजांचे नोकर असल्यामुळे त्यांनी राजवाड्यावरील धार्मिक कृत्ये वेदोक्त पद्धतीने करण्यास म्हणजेच आपले कर्तव्य व नोकरी करण्यास नकार दिल्यामुळे महाराजांनी त्यांचे वतन जप्त केले आहे. ती संपूर्णपणे महाराजांच्या अखत्यारीतील गोष्ट आहे. अशा प्रकारचा निर्णय देऊन राजोपाध्यांचे अपील फेटाळले. पोलिटीकल एजंटाचे या ठरावावर राजोपाध्ये यांनी मुंबईच्या गव्हर्नरकडे दाद मागितली. तेथेही पोलिटीकल एजटाचा ठराव कायम झाला. त्या नंतर त्यांनी व्हॉयसरॉयकडे अपील केले. व्हॉयसरॉयचे दोन्ही बाजू समजावून घेऊन कोल्हापूर दरबारचे, मुंबई सरकारचे व पोलिटीकल एजंटचे मत मागवून राजोपाध्ये यांचे अपील फेटाळले अशी रीतीने हा प्रश्न कायमचा निकालात निघाला.
दरम्यानच्या काळात महाराजांनी कोल्हापूर संस्थानांत दरबारची जेथे जेथे देवस्थाने आहेत तेथील जोशी, ग्रामोपाध्ये वगैरे लोकांनी स्थानिक देवस्थानची धार्मिक कृत्ये वेदोक्त पद्धतीने करण्याचे नाकारल्यामुळे त्यांच्याही वतनी जमिनी जप्तीत आणल्या. या लोकांनी कोल्हापरच्या करवीर पीठाच शंकराचार्यांचेकडे धाव घेतली व त्यांना महाराज हे क्षत्रिय आहेत की शूद्र आहेत या संबंधीचा निर्णय देण्यास विनंती केली. करवीर पीठाचे शंकराचार्य त्यावेळी भिलवडीकर स्वामी होते. भिलवडीकर स्वामींच्या कारकीर्दीत शंकराचार्यांच्या पीठाला सन्यास्थाश्रमा ऐवजी गृहस्थाश्रमाचे स्वरुप प्राप्त झाले होते. भिलवडीकर स्वामींच्या पूर्वाश्रमीची बायको, मुले, मुली, जावई, सुना, नातवंडे इत्यादि मठातच रहात. या सर्वांच्या खर्चासाठी मठाच्या पैशाची उधळपट्टी मुक्त हस्ताने चाललेली होती. भिलवडीकर स्वामींनाही महाराजांचे क्षत्रियत्व मान्य नव्हते. भिलवडीकर स्वामींनाही महाराजांचे क्षत्रियत्व मान्य नव्हते. भिलवडीकर स्वामींनी आपल्या मठातील संपत्तीची चालविलेली उधळपट्टी पाहून महाराजांनी भिलवडीकर स्वामींना मठाचे विश्वस्त या नात्याने चोख कारभार ठेवावा अशा सूचनाही दिलेल्या होत्या. परंतू मठाच्या अंतर्गत व्यवस्थेत महाराजांना हस्तक्षेप करता येणार नाही असे भिलवडीकर स्वामींनी उत्तर दिले. महाराज संधीची वाट पहात होते. तशी संधी त्यांना १९०३ साली मिळाली. भिलवडीकर स्वामी वृद्ध झालेले होते म्हणून आपल्या पश्च्यात करवीर पीठाचे शंकराचार्य म्हणून ब्रह्मनाळकर स्वामींची शिष्य म्हणून नियुक्ती केली. ब्रह्मनाळकर स्वामी हे मूळचे पुण्याचे ते कीर्तनकार म्हणून प्रसिद्ध होते आणि विशेष म्हणजे वेदोक्त प्रकरणात शाहू महाराजांचे क्षत्रियत्त्वाला ते तीव्र विरोध करणारे होते किंबहुना शिष्य म्हणून त्यांची निवड करायला पुण्यातील राजकीय क्षेत्रातील मंडळींनी हातभार लावला. त्याचे कारण महाराजांचे बद्दलचा द्वेश हे होय.
